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“首家向用戶開放免費(fèi)注冊(cè)的生物序列商業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)?!?/strong>
來源:IPRdaily中文網(wǎng)(iprdaily.cn)
引言
FTO(Freedom to Operate)專利檢索與分析是醫(yī)藥企業(yè)評(píng)估專利侵權(quán)風(fēng)險(xiǎn)的有效手段,充分掌握并實(shí)施FTO專利檢索與分析有助于醫(yī)藥企業(yè)更好地降低風(fēng)險(xiǎn)、減少損失。在進(jìn)行FTO調(diào)查的過程中,檢索數(shù)據(jù)庫(kù)的選擇至關(guān)重要。FTO檢索是查全性檢索,如果選擇的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索不全面,就會(huì)增加一定的侵權(quán)風(fēng)險(xiǎn),因此保證檢索式命中結(jié)果的全面性和準(zhǔn)確性,至關(guān)重要。
在生物醫(yī)藥領(lǐng)域FTO專利檢索中,除了利用專利數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建檢索式外,對(duì)于生物序列的檢索,還要使用特定的生物序列檢索工具進(jìn)行檢索。
2023年6月,智慧芽旗下生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)(簡(jiǎn)稱"Bio")重磅上線全球首個(gè)通式序列比對(duì)算法,檢索專利中隱藏的“萬(wàn)億序列”的通式序列。同年10月,Bio免費(fèi)版正式上線并開放注冊(cè)。
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一、通式序列檢索輻射萬(wàn)億序列
背景:專利撰寫人員會(huì)在序列中引入簡(jiǎn)并符、通配符和運(yùn)算符等信息,并通過大段解釋性文檔描述這些符號(hào)的具體參數(shù)。通式序列并不具備生物學(xué)意義,它主要用于擴(kuò)展專利的保護(hù)范圍并設(shè)置搜索障礙。傳統(tǒng)的序列同源性比對(duì)算法并沒有考慮到這種通式序列的情況,因此使用傳統(tǒng)算法進(jìn)行搜索存在漏檢風(fēng)險(xiǎn),無(wú)法找出所有潛在目標(biāo)序列。
根據(jù)智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)顯示,在全球?qū)@墨I(xiàn)中,這種特殊的通式序列數(shù)量并不低:核酸約740萬(wàn)條,占總核酸數(shù)的7.12%;蛋白序列131萬(wàn)條,占總蛋白序列數(shù)的7.55%。這表明大量的通式序列,由于特殊符號(hào)的存在,會(huì)對(duì)檢索結(jié)果產(chǎn)生影響,對(duì)于序列FTO來說風(fēng)險(xiǎn)非常高。
例如,查詢序列
"EVGSYPAPSDACPSDYFYCDASGRSAGGGGTENLYFQGSGGS",
在命中目標(biāo)序列時(shí),
"EVGSYXXXXX XCXXXXXXCX XSGRSAGGGG TENLYFQGSG GS"。
使用傳統(tǒng)序列方式檢索,BLAST算法的相似度僅為67%,但實(shí)際上相似度為100%。這種生物序列通過常規(guī)算法搜索會(huì)導(dǎo)致兩種情況:要么序列無(wú)法搜索,要么由于相似度低于閾值而被排除在結(jié)果之外。無(wú)論哪種情況,都會(huì)給序列搜索人員帶來不便,無(wú)法方便地與權(quán)利要求進(jìn)行同源性比較,甚至?xí)z關(guān)鍵序列信息。
為了解決通式序列帶來的漏檢風(fēng)險(xiǎn),智慧芽算法工程團(tuán)隊(duì)利用自研的NLP、CV、實(shí)體識(shí)別、指代消解等技術(shù),構(gòu)建了深度學(xué)習(xí)模型,用于識(shí)別和解析序列表和專利全文中的通式序列及其取代信息,并建立了通式序列檢索庫(kù)。
圖:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)通式序列檢索入口
該庫(kù)通過特殊的序列比對(duì)算法,在通式序列檢索時(shí)不僅能夠搜索這類序列,還能返回真實(shí)的相似度。智慧芽的通式序列檢索解決方案能夠進(jìn)一步降低在專利FTO和查新工作中的漏檢風(fēng)險(xiǎn)。
圖:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)通式序列檢索示意
二、Bio免費(fèi)版全面開放注冊(cè)
常見的公共免費(fèi)序列檢索數(shù)據(jù)庫(kù),往往存在專利數(shù)據(jù)收錄不全、算法以及保密等問題,不適合用于嚴(yán)謹(jǐn)?shù)姆狼謾?quán)分析。所以,在進(jìn)行FTO專利檢索與分析時(shí),常選擇數(shù)據(jù)收錄和算法均能滿足防侵權(quán)分析的商業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行序列檢索。智慧芽Bio作為主流商業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)之一,今年10月重磅宣布免費(fèi)版正式上線并開放注冊(cè)。歡迎新老用戶掃碼注冊(cè)使用!
無(wú)論您是致力于開發(fā)新型癌癥治療方法的生物科學(xué)家,希望了解可能影響藥物反應(yīng)的不同序列變異,還是需要進(jìn)行成果序列可專利性分析及FTO工作的知識(shí)產(chǎn)權(quán)律師,智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)均是幫助您解鎖和理解復(fù)雜生物序列的重要工具。
免費(fèi)版權(quán)限:常規(guī)搜索、短序列搜索、Motif搜索各5次、可使用變異過濾查看變異報(bào)告、可查看來自序列索引專利、序列索引公開庫(kù)、人工標(biāo)注序列的50條序列詳情。
免費(fèi)版申請(qǐng)及使用入口:bio.zhihuiya.com
數(shù)據(jù)全面準(zhǔn)確:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)收錄海量全球生物序列相關(guān)數(shù)據(jù),并基于AI與人工標(biāo)注數(shù)據(jù),高效保障準(zhǔn)確性,滿足用戶的序列檢索分析需求。
功能豐富:
功能:通式檢索、常規(guī)檢索、短序列檢索、Motif搜索、片段搜索、組合檢索、抗體搜索、藥物/基因索引
工具:序列助手、序列比對(duì)、工作空間、郵件提醒、sequence_suite、高級(jí)設(shè)置、過濾篩選
圖:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)功能
圖:抗體檢索結(jié)果
圖:序列助手示意圖
檢索清晰便捷:檢索簡(jiǎn)單易上手,界面友好,數(shù)據(jù)庫(kù)部分界面截圖如下:
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電腦端請(qǐng)?jiān)L問生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)官網(wǎng)
bio.zhihuiya.com
生物序列專利檢索場(chǎng)景案例
CAR-T領(lǐng)域有哪些檢索方式能找到更多更全的技術(shù)資料和專利信息
知道一個(gè)抗體的名字,如何找到他對(duì)應(yīng)的序列信息?
(原標(biāo)題:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)「通式序列+免費(fèi)版」王炸組合等你來?。?br/>
來源:IPRdaily中文網(wǎng)(iprdaily.cn)
編輯:IPRdaily辛夷 校對(duì):IPRdaily縱橫君
注:原文鏈接:免費(fèi)試用!智慧芽上線全球首個(gè)通式序列比對(duì)算法,檢索專利中隱藏的“萬(wàn)億序列”的通式序列(點(diǎn)擊標(biāo)題查看原文)
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